Seit 2001 gehören die Gemeindebauten der ehemaligen Hagenower jüdischen Gemeinde zum Museum. 1828 in der Hagenstraße erbaut, ist das Ensemble um die Synagoge in seiner Geschlossenheit einmalig in Mecklenburg.
Im Vorderhaus befanden sich die Religionsschule mit Lehrer- und Hausmeisterwohnung sowie das rituelle Bad (Mikwe). Auf dem Hof stehen die imposante Synagoge und der Wagenschauer. Wenngleich die Inneneinrichtung der Synagoge in der Pogromnacht 1938 zerstört wurde, blieben die Gebäude jedoch in ihrer Substanz erhalten und wurden zwischen 2004 und 2009 umfassend restauriert. Im Vorderhaus, dem jetzigen Hanna-Meinungen-Haus, ist seit 2010 die Dauerausstellung „Spuren jüdischen Lebens in Hagenow und Westmecklenburg“ zu sehen. In der Alten Synagoge finden neben drei Sonderausstellungen mit Kunst und Fotografie regelmäßig Konzerte, Vorträge und kulturelle Veranstaltungen statt.
