Dutzende von Lüftungsrohren ragen in direkter Nachbarschaft der Leuchttürme aus der Erde. Die Geschichte der Bunker auf Kap Arkona ist lang. Sie beginnt 1915 mit dem Bau des ersten Bunkers, der aber unrenoviert und aus Gründen der Sicherheit nicht öffentlich zugänglich ist.
Der kleinere Bunker stammt von der Wehrmacht und wurde zu DDR-Zeiten als Dienststelle der 6. Grenzbrigade Küste umfunktioniert. Er wird als „Arkona-Bunker“ bezeichnet. Heute beherbergt er eine Dokumentation zur Geschichte des Kap Arkonas, von der Slawenzeit bis in die Gegenwart. Der Eintritt ist kostenfrei. Der größere Bunker wurde von 1979 bis 1986 gebaut. Von einem Hauptmittelgang mit zwei Zugängen ausgehend befinden sich mehrere unabhängige Einzelbunker mit einer Gesamtfläche von 2.000 Quadratmetern. Er diente der auf dem Bug stationierten 6. Flottille der Volksmarine und der Vereinigten Ostseeflotte (VOF) als Gefechtsstand. Die Bunker dienten als so genannter „geschützter Gefechtsstand“ und sollten im Kriegsfall vor giftigen Gasen und radioaktiver Strahlung schützen. Die zweite große Röhre beherbergt heute eine Modellschiffsaustellung sowie alte Navigationsgeräte. Am Tag der Deutschen Wiedervereinigung, dem 3. Oktober 1990, wurde die Anlage stillgelegt.