Der Bahnhof Bad Doberan liegt an der Bahnlinie Tessin-Wismar und ist Startbahnhof der Schmalspurbahn Molli in Richtung Ostseebad Kühlungsborn.
Direkt gegenüber den normalspurigen Gleisen der Bahnlinie Tessin-Wismar startet die schmalspurige Mecklenburgische Bäderbahn Molli im Bahnhof Bad Doberan. Bad Doberan ist Ausgangs- bzw. Endpunkt des mit Dampfloks bespannten Molli.