Die Kirche Karlshagen ist neben der Kirche Bansin der einzige Kirchenneubau des 20. Jahrhunderts auf der Insel Usedom.
Aufgrund der wachsenden Zahl an Bewohnern und Feriengästen wurde im Jahre 1912 in Karlshagen eine eigene Kirche gebaut und eingeweiht. Während des Zweiten Weltkrieges wurde Peenemünde in der Nacht vom 17. zum 18. August 1943 bombadiert. Die dabei zerstörte und ausgebrannte Kirche konnte 1953 dank einer Geldsammlung des Karlshagener Pastor Adolf Spreemann wieder aufgebaut werden. 1991 wurde die Kirche grundlegend saniert. Heute wird die Kirche vielfältig als Saalkirche genutzt.