Während im 13. Jh. die Stadtkirche St. Marien gebaut wurde, entstand gleichzeitig ein zweites kirchliches Zentrum: Das Franziskanerkloster. Dazu gehörte eine schlichte Klosterkirche aus Feldsteinen, die Anfang des 14. Jahrhunderts erweitert wurde - die heutige St. Johannis Kirche. Nach der Zerstörung der Marienkirche 1945 ist die Johanniskirche zur Hauptkirche geworden. Ihren jetzigen Zustand erhielt sie durch zwei größere Bauphasen im 19. und 20. Jahrhundert.
Die St. Johanniskirche in Neubrandenburg ist heute bei Freunden von Orgel- und Chorkonzerten sehr beliebt. Errichtet wurde sie als Feldsteinkirche eines Franziskanerklosters um 1250/60.Nach zwei Bränden vor 1355 wurde die Kirche in Backstein zweischiffig mit Kreuzgewölben erweitert. Im 14. Jahrhundert wurde im Osten ein polygonaler Langchor angebaut. Nach der Reformation diente der Chorraum, abgetrennt durch eine Wand, als Speicher. In der Mitte des 19. Jahrhunderts stürzte er ein. In den Jahren 1891 bis 1894 wurde die Kirche neu gestaltet. So wurde etwa das Gewölbe erneuert und im neugotischen Stil bemalt. Nach der Zerstörung der Marienkirche 1945 war die Johanniskirche zur Hauptkirche geworden. Von 1976 bis 1980 wurde sie nochmals restauriert und neu gestaltet. Seit 2008 werden erneut umfangreiche Sanierungsarbeiten durchgeführt. Jeden Mittwoch von Juni bis September können Besucher um 12.00 Uhr für 20 Minuten der Orgelmusik lauschen.
